Khu Không gian Khoa học rộng 93,2 ha, phục vụ nghiên cứu - phát triển, đào tạo và vườn ươm, là trái tim của Khu Công nghệ cao.
Mục tiêu của Khu Không gian Khoa học là trở thành một trung tâm nghiên cứu và phát triển, đào tạo, ươm tạo mạnh của cả nước cũng như khu vực về các lĩnh vực công nghệ cao; thu hút các chuyên gia hàng đầu trong và ngoài nước tới làm việc; cung cấp đầy đủ hạ tầng cơ sở một cách tối ưu cho các hoạt động của Khu Không gian Khoa học cũng như nhu cầu của thị trường theo từng giai đoạn; đáp ứng kỳ vọng của thành phố nói riêng và cả nước nói chung về việc từng bước nâng cao năng lực nội sinh trong các lĩnh vực công nghệ cao, đẩy nhanh tiến trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế và đáp ứng mục tiêu phát triển bền vững.

Khu Công nghệ cao TPHCM đã dành 2/3 tổng diện tích đất trong Khu Không gian Khoa học cho cảnh quan cây xanh, mặt nước, tạo một không gian xanh, hài hòa, gần gũi với thiên nhiên, đặc biệt có cung đường đi bộ và các công trình dịch vụ vui chơi giải trí, nghỉ dưỡng và thể thao nhằm tạo điều kiện sinh hoạt ổn định cho những người hoạt động khoa học. Việc tạo một môi trường sinh sống và làm việc thuận lợi là một trong những vấn đề quan trọng nhằm thu hút các chuyên gia trong nước cũng như nước ngoài đến làm việc.
Đánh gia cao tầm quan trọng của khoa học công nghệ trong sự phát triển của đất nước, ông Phạm Chánh Trực - nguyên Trưởng Ban quản lý Khu Công nghệ cao nói: "Khoa học công nghệ phải thành động lực của nền kinh tế. Chúng ta phải có một tầm nhìn rộng lớn hơn nữa, phải có những nghiên cứu đề xuất để cho chính phủ trong thời gian tới triển khai như thế nào cho hợp lý và thỏa đáng, đáp ứng được mong muốn của chúng ta là khoa học công nghệ phải có vị trí ở trong nước là động lực của kinh tế, nhưng nó cũng phải có vị trí trong khu vực và trên thế giới".
Đến nay, đã có 6 dự án nghiên cứu phát triển của Việt Nam đầu tư vào Khu Không gian Khoa học. Các dự án được cấp phép đầu tư vào Khu Không gian Khoa học được hưởng các ưu đãi cao nhất về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế VAT, thuế xuất nhập khẩu, tiền thuê đất như: mức giá cho thuê đất bằng không, áp dụng đến trọn đời dự án.
