Kết quả điều tra ban đầu xác định, có nhiều sai phạm của Hội đồng bồi thường trong việc bồi thường, hỗ trợ, tái định cư gây thiệt hại rất lớn ngân sách nhà nước.
Cơ quan điều tra đã khởi tố bị can, bắt tạm giam chủ tịch hội đồng bồi thường ông Lê Văn Tiếp (47 tuổi, chủ tịch UBND huyện Long Thành) và các cán bộ trong hội đồng vì có nhiều sai phạm trong công tác bồi thường, đền bù, hỗ trợ tái định cư.
Để phục vụ cho công tác điều tra, đấu tranh xử lý đối với các sai phạm liên quan, đảm bảo tuân thủ chính sách pháp luật và thu hồi ngân sách Nhà nước bị thiệt hại, cơ quan công an kêu gọi các cán bộ, viên chức và người dân cung cấp thông tin liên quan đến các sai phạm trong công tác bồi thường.
Đồng thời, kêu gọi các cá nhân có sai phạm trong việc tổ chức chi trả và nhận bồi thường hỗ trợ tái định cư không đúng chính sách tự giác trình báo và khắc phục hậu quả, giao nộp lại tài sản đã nhận trái quy định để được hưởng chính sách khoan hồng.

Trường hợp không chủ động trình báo và giao nộp, khi cơ quan điều tra phát hiện sẽ vẫn bị thu hồi tài sản, xử lý trách nhiệm hình sự về hành vi khai khống, gian dối để trục lợi, chiếm đoạt tài sản Nhà nước.
Ngày 10/2, Viện KSND tỉnh Đồng Nai đã phê chuẩn quyết định khởi tố, bắt tạm giam đối với ông Lê Văn Tiếp, chủ tịch UBND huyện Long Thành về tội "vi phạm quy định về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi nhà nước thu hồi đất".
Liên quan dự án này, trước đó Cơ quan cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai đã ra quyết định khởi tố vụ án nhận hối lộ, lừa đảo chiếm đoạt tài sản và vi phạm quy định về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất tại dự án thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ tái định cư sân bay Long Thành.
Quá trình điều tra, cơ quan điều tra lần lượt khởi tố sáu bị can, trong đó có những người làm công tác đền bù.
Mở rộng điều tra, tháng 12/2024, Công an tỉnh Đồng Nai tổ chức lực lượng thi hành lệnh khám xét Tòa nhà Trung tâm Văn hóa Thể dục Thể thao huyện Long Thành, nơi lưu trữ hồ sơ thuộc Dự án thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ tái định cư sân bay Long Thành do Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện Long Thành quản lý, sử dụng.
Kết quả khám xét, lực lượng chức năng thu giữ nhiều hồ sơ bồi thường đất, vật kiến trúc, hỗ trợ, tái định cư (đã hoàn thành) và dữ liệu điện tử có liên quan Dự án thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư sân bay Long Thành phục vụ công tác điều tra, làm rõ vụ án.
Đến nay, UBND tỉnh Đồng Nai đã cơ bản hoàn thành công tác bồi thường, hỗ trợ tái định cư và các hạng mục bổ sung dự án. Đến hết năm 2024, tỉnh Đồng Nai đã hoàn thành giải ngân hơn 18.200 tỷ đồng nguồn vốn bố trí cho dự án, đạt gần 95% kế hoạch theo tổng nguồn vốn được bố trí sau điều chỉnh.