Cơ quan điều tra xác định từ năm 2017 đến năm 2022, Nguyễn Đăng Thuyết và Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết) chỉ đạo nhân viên dưới quyền lập, sử dụng 2 hệ thống sổ kế toán để hạch toán trái quy định của pháp luật.
Đó là hệ thống sổ kế toán nội bộ và hệ thống sổ kế toán dùng để kê khai thuế quyết toán thuế hàng năm với Nhà nước; Khai man số liệu kế toán; để ngoài sổ kế toán nhiều khoản doanh thu, chi phí, lợi nhuận;
Chỉ đạo nhân viên mua hóa đơn đầu vào để nâng khống giá trị hàng hóa mua vào, làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, gây thiệt hại cho Nhà nước trên 400 tỷ đồng.
Ngày 15/5/2023, Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”; “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước” xảy ra tại Công ty Thành An Hà Nội và một số công ty, đơn vị có liên quan; khởi tố bị can và áp dụng biện pháp ngăn chặn đối với 8 đối tượng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố bị can đối với Nguyễn Đăng Thuyết, nguyên Giám đốc Công ty Thành An về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” quy định tại Điều 221, Bộ luật Hình sự.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét Nguyễn Nhật Linh (vợ Thuyết); Đỗ Thị Hoa, nguyên Kế toán trưởng Công ty Thành An; Nguyễn Quý Khái, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thiết bị y tế Danh; Bùi Thị Mai Hương, Kế toán trưởng Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thiết bị y tế Danh về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”.
Khởi tố bị can, ra Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét Phạm Thị Quỳnh Như, Giám đốc Công ty Cổ phần vật tư hóa chất và thiết bị Thành Phát; Nguyễn Thị Kim Dung, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn vật tư thiết bị Y tế An Bình Minh và Phạm Thị Thu Hà, chủ hộ kinh doanh cửa hàng Tuấn Phong về tội “In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước”.
Ngày 16/5/2023, Bộ Công an đã thi hành các quyết định và lệnh tố tụng đối với 8 bị can
Hiện Bộ Công an đang mở rộng điều tra, làm rõ bản chất vụ án, thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước.