Theo tờ trình, Cảng hàng không Vân Phong được đề xuất đặt tại xã Vạn Thắng, huyện Vạn Ninh, cách TP Nha Trang khoảng 65km về phía Nam, cách Cảng hàng không Quốc tế Cam Ranh khoảng 101km về phía Nam, cách Cảng hàng không Tuy Hòa khoảng 49km về phía Bắc. Tổng diện tích đất quy hoạch khoảng hơn 497ha.
Đường cất hạ cánh theo trục Đông Bắc - Tây Nam dài 3.050m, cao trình sân bay dự kiến +5,00m.
Khu vực dự kiến quy hoạch sân bay nằm hoàn toàn trên vùng mặt nước ven bờ, không có dân cư, rừng bảo hộ, rừng ngập mặn, di tích lịch sử và không có quy hoạch khu neo đậu tàu thuyền, tránh bão, thuận lợi cho công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng, không ảnh hưởng đến nhà dân và các công trình hiện hữu.
Giai đoạn đầu, Cảng hàng không Vân Phong sẽ được đầu tư quy mô công suất là 1,5 triệu hành khách/năm, theo tiêu chuẩn thiết kế ICAO cấp 4E và sân bay quân sự cấp I.

Cũng trong tờ trình, UBND tỉnh Khánh Hoà đề xuất 3 phương án đầu tư Cảng hàng không Vân Phong theo phương thức đối tác công - tư (PPP):
Phương án 1: nhà nước thực hiện công tác hỗ trợ di dời. Nhà đầu tư PPP đầu tư xây dựng hoàn chỉnh kết cấu hạ tầng cảng hàng không.
Phương án 2: nhà đầu tư PPP đầu tư một số công trình thiết yếu gồm: Xây dựng nhà ga hành khách, sân đậu tàu bay, hạ tầng giao thông.
Nguồn ngân sách Nhà nước (ngân sách trung ương và ngân sách địa phương) đầu tư các hạng mục còn lại, gồm: San nền sân bay; Xây dựng đường cất hạ cánh và hệ thống đường lăn; Xây dựng các công trình đảm bảo hoạt động bay.
Phương án 3: nguồn ngân sách Nhà nước (ngân sách trung ương và ngân sách địa phương) thực hiện công tác hỗ trợ di dời; đầu tư các công trình đảm bảo hoạt động bay; hỗ trợ một phần công tác san nền khu bay.
Nhà đầu tư PPP đầu tư các hạng mục còn lại, gồm: San nền khu hàng không dân dụng; Xây dựng khu bay, khu hàng không dân dụng; Hệ thống giao thông kết nối.
Trên cơ sở phân tích, đánh giá, nhằm đảm bảo tính hợp lý, khả thi, phương án 3 được đề xuất nghiên cứu thực hiện.
Với quy mô đề xuất như trên, sơ bộ tổng mức đầu tư xây dựng cảng hàng không Vân Phong giai đoạn đầu khoảng 7.892 tỷ đồng (chưa bao gồm lãi vay), đáp ứng phục vụ 1.500.000 hành khách/năm, tương đương 600 hành khách/giờ cao điểm.
Trong đó, phần vốn ngân sách Nhà nước (ngân sách trung ương và ngân sách địa phương) được đề xuất hỗ trợ khoảng 2.150 tỷ đồng (chiếm 27,2%) thực hiện dự án: đầu tư các công trình đảm bảo hoạt động bay; hỗ trợ một phần công tác san nền khu bay.
Phần vốn đầu tư BOT khoảng 5.742 tỷ đồng (chiếm 72,8%) bao gồm phần vốn chủ sở hữu và phần vốn vay thương mại do nhà đầu tư huy động. Thời gian hoàn vốn dự kiến khoảng 47 năm.